Batman: Arkham Origins wartet mit einem riesigen Gotham City und einer Original-Story auf, die etliche Jahre vor den Geschehnissen der vielgerühmten Vorgänger Batman: Arkham Asylum und Batman: Arkham City spielt. Vor dem Aufstieg von Gotham Citys gefährlichsten Ganoven lernen die Spieler einen jungen, ungeschliffenen Batman kennen, der in der Anfangsphase seiner Karriere als Verbrechensbekämpfer jenen einschneidenden Moment erlebt, der ihn später zum Dunklen Ritter werden lässt. Im Zuge der Geschichte treffen die Spieler zum ersten Mal auf viele wichtige Charaktere und knüpfen entscheidende Beziehungen.