F.E.A.R. 3 setzt die Horror-Shooter-Serie um die mysteriöse Alma Wade fort. Als Protagonist tritt nicht nur der Soldat Point Man in Erscheinung, der Held aus dem ersten Teil der Reihe, sondern auch dessen Bruder Paxton Fettel. 

Der telepathisch begabte Fettel stand seinem Bruder in F.E.A.R. noch als Antagonist gegenüber. In F.E.A.R. 3 ziehen die beiden nun gegen die Söldner des Armacham-Konzerns in die Schlacht. Dabei streifen sie durch die Stadt Fairport, um ihre Mutter Alma ausfindig zu machen. Diese erwartet nach den beiden Protagonisten von F.E.A.R. 3, die sie im Rahmen des Project Origin für Armacham zur Welt brachte, ihr drittes Kind. Die von dem bekannten Comic-Autoren Steve Niles (30 Days of Night, 28 Days Later) mit Unterstützung von Horrorfilm-Legende John Carpenter (Halloween, The Fog) entwickelte Story von F.E.A.R. 3 ist nicht nur allein spielbar: im divergenten Koop-Modus steuert je ein Spieler Point Man und Paxton Fettel. Die Brüder können sich dabei sowohl gegenseitig unterstützen, als auch unabhängig voneinander agieren oder gar gegeneinander vorgehen. Daneben spielen in F.E.A.R. 3 wie schon in den Vorgängern neben Horror-Elementen vor allem die Kämpfe eine zentrale Rolle. Die Gefechte zeichnen sich durch die Möglichkeit aus, die Zeit zu verlangsamen, was nicht nur für eine an die Matrix-Filme erinnernde Kampfästhetik sorgt -- es verschafft dem Spieler auch Reaktionsvorteile gegenüber seinen Kontrahenten.