La invasión soviética de Afganistán ha llevado la Guerra Fría a un nuevo nivel, y en 1984, un hombre tuerto con un brazo protésico aparece en el país. Quienes lo conocen lo llaman Snake; el legendario mercenario que una vez fue apartado del escenario de la historia y dejado en coma por la red de inteligencia privada estadounidense, Cipher. Snake está acompañado por Ocelot, un viejo amigo que lo salvó de un ataque cuando finalmente despertó.
Ahora, el antiguo compañero de Snake, Kazuhira Miller, está retenido por las fuerzas soviéticas en Afganistán. Snake debe emprender una misión en solitario para rescatar a Miller y demostrarle al mundo que el legendario mercenario no ha muerto. Ese primer paso lo llevará por un camino de venganza contra el mismo Cipher que masacró a tantos de los hombres de Snake, y hacia una batalla que envolverá al mundo entero...
Lo que comenzó en Ground Zeroes debe terminar con "V".
