Red Alert 3: Uprising bietet vier neue Mini-Kampagnen und lässt Spieler tiefer in die Geschichte der Sowjets, den Alliierten und des Empire of the Rising Sun eintauchen und enthält eine einzigartige Kampagnen zu den Ursprüngen des japanischen Schulmädchens Yuriko Omega. 

Zeitlich angelegt in der Folgezeit nach Red Alert 3 erholt dich die Sowjetunion von der erdrückenden Niederlage. Das Empire of the Rising Sun versucht verzweifelt Identität und Ehre zurückzugewinnen und die scheinbar siegreichen Alliierten befinden sich auf einem Pfad der Korruption.

Wie werden die niedergeschlagenen Sowjets auf die Belagerung von FutureTech reagieren, eine mysteriöse Firma, die im Auftrag der Alliierten neue Technologien in dem Heimatterritorium der Sowjets erforscht? Wie wird das Empire of the Rising Sun wieder zu neuer Größe anwachsen und sich gegen die ehemaligen Sowjetkommandeure verteidigen, die in Ihr Territorium eingefallen sind? Und werden die Alliierten Einheiten den Aufstand des ehemaligen Imperialen Kommandeurs niederschlagen? Und wer ist die mysteriöse Yuriko Omega?