Transformers: La Caduta di Cybertron si svolge subito dopo gli eventi de La Battaglia per Cybertron e continua a raccontarci la guerra tra Autobot e Decepticon, ormai praticamente giunta al culmine. 

Da una parte c'è Optimus Prime, leader suo malgrado della "resistenza" cybertroniana; dall'altro invece c'è Megatron, il capo dei Decepticon intenzionati a controllare l'intero pianeta e la sua inesauribile fonte di energia. L'intenzione di Megatron, fondamentalmente, è quella di stabilire una vera e propria dittatura: in piena guerra civile, Optimus dovrà riunire gli Autobot e condurli alla vittoria prima che il danno arrecato al pianeta, ormai devastato dallo scontri, diventi irreparabile. 

In questo sparatutto in terza persona controllerete dei robot giganti armati fino ai denti. La differenza sostanziale rispetto al prequel risiede proprio nel modo in cui è organizzata la campagna principale: nel prequel i giocatori potevano scegliere a piacimento tra la campagna degli Autobot e quella dei Decepticon, una soluzione che offriva due punti di vista diversi sullo stesso conflitto. In La Caduta di Cybertron, invece, la campagna è una soltanto e sarà il gioco a decidere che personaggio userete in base alla missione proposta.