Gra Prototype 2 jest pełnoprawną kontynuacją gry Prototype również tworzoną przez Radical Entertainment.

Wcielamy się w postać Jamesa Hellera, który tak jak główny protagonista pierwszej części – Alex Mercer – jest zarażony śmiercionośnym wirusem, który spustoszył miasto w pierwszej części.
Heller obwinia Mercera za śmierć jego żony i córki, które nie przeżyły nadejścia zarazy. Bohater za wszelką cenę pragnie odszukać Mercera i dokonać na nim zemsty.

Prototype 2 będzie oferować szeroki wachlarz nowych mocy i umiejętności, dzięki którym wyzwolimy niszczycielskie siły. Twórcy położyli nacisk na poprawie rozgrywki oraz postarali się o rozbudowanie misji, dzięki czemu gra ma oferować zupełnie nowe doznania niż jej poprzedniczka. Gra doczekała się również usprawnień graficznych, co pozwoli cieszyć się rozgrywką na najwyższym poziomie.