S.T.A.L.K.E.R. : Clear Sky se situe en 2011, un an avant les événements du jeu original S.T.A.L.K.E.R. 
Un groupe de stalkers arrive, pour la première fois, sur la zone du réacteur nucléaire de Tchernobyl et déclenche une série d'événements cataclysmiques. Une gigantesque explosion mystérieuse transforme radicalement l'environnement : le paysage est transfiguré et des anomalies de toutes espèces apparaissent. Des zones inconnues jusqu'alors voient le jour. Les expéditions et les stalkers disparaissent les uns après les autres.
Avec un activités croissantes des anomalies, la zone instable pose de sérieux problèmes et repousse les limites du connu. Les hostilités pour la possession des mystérieuses sphères et des champs de force sont lancées : chacun pour soi. La guerre des factions a commencé.
Le héros est un mercenaire qui joue un rôle clef dans la suite des événements qui conduisent au jeu original.
Quelles nouvelles aventures attendant nos stalkers dans cette mystérieuse zone ? Quelle est la nature de cette mystérieuse zone? Peut-on arrêter les anomalies ? Qui prendra le dessus dans la guerre qui oppose les factions ? Réponse à ces questions dans — S.T.A.L.K.E.R. : Clear Sky.