Ambientato approssimativamente 10 anni dopo gli eventi del primo BioShock, nei saloni di Rapture ricompaiono ancora i peccati del passato. Lungo la costa Atlantica, un mostro ha rapito delle bambine e le ha riportate nelle profondità della città di Rapture. I giocatori vestiranno i panni dell'abitante più rappresentativo di Repture, il Big Daddy, viaggeranno tra le impressionanti rovine di una città sommersa, inseguendo un nemico invisibile, alla ricerca di risposte, e per assicurarsi la propria sopravvivenza.