Witaj ponownie, dowódco!
W roku 2062 ludzkość znalazła się na krawędzi zniszczenia. Tyberium, tajemnicza, krystaliczna substancja niewiadomego pochodzenia, która od dziesięcioleci pustoszyła Ziemię i wywołała wieloletni konflikt pomiędzy Globalną Inicjatywą Obronną (GDI) oraz Bractwem Nod, doprowadziła do sytuacji, w której planeta przestała nadawać się do zamieszkania. W samym środku kryzysu, Kane, prorok i przywódca Nod, wyszedł z ukrycia, aby przekazać GDI wiadomość, iż opracował system pozwalający kontrolować Tyberium i zapanować nad jego mocą. Ale nie mógł zbudować Sieci kontroli tyberium" bez współpracy z GDI. W ten oto sposób, dwie wrogie frakcje - GDI oraz Nod - weszły w desperacki i nieoczekiwany sojusz, aby powstrzymać tyberium przed zniszczeniem ludzkości.
Teraz, po 15 latach prac, sieć jest niemal gotowa. Tyberium znajduje się pod ścisłą kontrolą, a nasza przywrócona do życia planeta jest u szczytu nowej epoki postępu i dobrobytu. Jednak dopiero teraz zaczęto poważnie zastanawiać się, dlaczego Kane zaoferował swą pomoc i co będzie chciał otrzymać w zamian. Pytania te doprowadzą do dramatycznego, finalnego aktu w opowieści o tyberium.