Dwa lata po tym, jak komandor Shepard odparł inwazję Żniwiarzy, dążących do zagłady wszelkiego życia organicznego, pojawia się nowy, tajemniczy wróg. Na obrzeżach znanej części kosmosu ktoś po cichu uprowadza całe ludzkie kolonie. Shepard musi sprzymierzyć się z Cerberusem, bezwzględną organizacją, pragnącą za wszelką cenę chronić rasę ludzką, aby powstrzymać najstraszliwsze zagrożenie, przed jakim kiedykolwiek stanęła ludzkość. Aby móc podjąć to wyzwanie, Shepard musi zebrać najlepszą załogę w całej galaktyce i objąć dowodzenie nad najpotężniejszym statkiem, jaki kiedykolwiek powstał. Wszyscy twierdzą, że nawet z takim przygotowaniem będzie to samobójcza misja. Komandor Shepard dowiedzie, że się mylą.